胡杨林

http://xnpic.chinaren.com/200712/354/LZkriVFb.exe

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如何用Ntsyspc2.1 计算遗传距离(Genetic Distance)?

可以用NTsys-pc2.1来鉴定亲缘关系的远近

1.假设你的数据文件名为A(Excel 文件)，存放于C:/桌面

2.打开Ntsyspc2.1，click "File", click "Edit file",打开文件A

3.Edit 完毕之后，click "Save file as",将文件存放于桌面，命名为A-1(NTS 文件)

4.click Ntsyspc2.1 面板上的"Similarity",click "Genetic distance"

5.双击Input data file 右边的空白，打开A-1 文件

6.双击Output file 右边的空白,将文件存放于桌面,命名为A-2 (NTS 文件)

7.click Ntsyspc2.1 面板上的"Compute"按钮

8.OK，你的遗传距离就存放在文件A-2 里了

NTSYS-PC使用说明

NTSYS是一个聚类分析的软件，可以用来分析RFLP，RAPD等电泳带型，也可用于微生物群落多样性的相似性分析。下面简单介绍一下其用法：

1.先建立一个0，1构成的矩阵：在excel中，按如下规则输入数据，A1=1表示有带记为1，B1=9表示RFLP有9个带型， C1=35表示样本数，D1=0表示无带记为0。第二行表示的是样本名称。从第三行开始的A列表示带型名称。见下图：

2. 打开NTSYS-PC程序，点击similarity出现如下界面：

再点击Qualitative data，出现如下界面：

点击input file，打开刚才生成的excel矩阵文件，点击out file起一个文件名（假设叫111），然后点击compute按钮。文件111是一个相似度表。

3. 继续点击clustering，出现如下界面：

再点SHAN，出现如下界面：

点击input file，打开文件刚才保存的文件111，点击out file起一个文件名（假设叫222），把In case of ties改为Find，然后点击compute按钮。计算完成！

4. 然后点Graphics, 再点tree plot，出现下面的界面：

点击input file，打开文件222，然后点击compute按钮，就会出现聚类图。

OK了！

Ntsys-pc软件进行聚类分析

1 数据的录入方法： 1.1 利用Ntedit直接录入数据 0、1二元数据中的数据缺失记为2。其中列标可以写为样品编号，在No.rows 栏中写入0、1数据总数，No.cols 栏中写入样品总数。文件另存为*.nts格式。

1.2 从excel表中直接读入数据 Excel表中输入数据格式如下图。A1必须为1，B1为0、1数据总数，C1为样品总数。

打开Ntedit程序，选择从Excel表输入，结果见上图。文件另存为*.Nts格式 1.3 Ntsys-pc可以直接运行*.phy格式的文件（由phylip和phytool产生） 1.4 DNA序列数据Ntsys-PC也可以分析，但好像用的人较少。建议大家使用phylip或者其他的软件。DNA序列数据在Excel中输入格式如下：

1.5 其他数据的Excel输入如下

2 聚类分析 Ntsys-pc2.02界面如下

以下以图中数据为例介绍聚类过程： 2.1 首先用similarity程序组中的SimQual计算形似系数矩阵。Coefficient通常选用SM 或DICE，结果输出到另一文件。

2.2 以上步的结果作为input file利用Clustering程序组中的SHAN或者Njoin进行计算，聚类分法选用UPGMA，ties选用FIND，Maximum no. tied trees至少大于样品数。

Njoin程序组界面如下，rooting method可以选用Outgroup，但需输入外元。

2.3 将SHAN或NJoin方法得到的tree file文件输入到Graphics程序组中的tree plot程序中计算

得到树图如下

利用options可以对树图进行描述与处理.在此略去. 2.4 一致性分析： 可以用Clustering中的consens程序进行，两个不同文件分别输入；同一文件中不同的进化树之间的分析，则只输入到input tree1 file即可。通常多选用MAJRUL方法

(原文地址：http://xiaonei.chinaren.com/blog/qingyong3366/18505258)